Mục tiêu của Đề án là phát triển chế biến thủy sản hiện đại, hiệu quả và bền vững, đáp ứng được nhu cầu, quy định của thị trường tiêu thụ; nâng cao năng lực cạnh tranh và tiếp tục hội nhập sâu rộng vào chuỗi giá trị toàn cầu.
Cụ thể, Đề án đặt mục tiêu đến năm 2030, tốc độ tăng trưởng sản lượng thủy sản chế biến đạt trên 6%/năm. Tỷ trọng giá trị xuất khẩu sản phẩm thủy sản chế biến giá trị gia tăng đạt trung bình trên 40% (trong đó tôm đạt 60%, cá tra đạt 10%, cá ngừ đạt 70%, mực và bạch tuộc đạt 30%, thủy sản khác đạt 30%). Trên 70% số lượng cơ sở chế biến thủy sản xuất khẩu đạt trình độ và năng lực công nghệ sản xuất từ trung bình tiên tiến trở lên.
Bên cạnh đó hình thành một số tập đoàn, doanh nghiệp chế biến thủy sản hiện đại, có tiềm lực kinh tế và trình độ quản lý ngang tầm thế giới. Giá trị chế biến thủy sản tiêu thụ nội địa đạt 40.000 - 45.000 tỷ đồng. Góp phần vào giá trị kim ngạch xuất khẩu thủy sản đạt khoảng 14 - 16 tỷ USD.
Để đạt được những mục tiêu trên, Đề án đề ra các nhiệm vụ cần thiết, như tổ chức thực hiện việc kiểm soát và phát triển nguồn nguyên liệu chế biến thủy sản từ nuôi trồng, khai thác và nhập khẩu nhằm đáp ứng nhu cầu của doanh nghiệp chế biến, phù hợp với nhu cầu tiêu thụ trong nước và xuất khẩu; tuân thủ các điều kiện, quy định của Việt Nam và thông lệ quốc tế; đảm bảo các yêu cầu về truy xuất nguồn gốc, tránh gian lận xuất xứ, gian lận thương mại.
Thu hút đầu tư hình thành các tập đoàn, công ty chế biến thủy sản lớn có tiềm lực kinh tế và trình độ quản lý ngang tầm thế giới; nâng cấp các cơ sở chế biến thủy sản xuất khẩu đạt trình độ và năng lực công nghệ sản xuất tiên tiến; nâng cao năng lực chế biến, trình độ công nghệ đối với các cơ sở chế biến tiêu thụ thủy sản trong nước, đảm bảo điều kiện vệ sinh an toàn thực phẩm, đa dạng hóa chủng loại sản phẩm chế biến thủy sản.
Đẩy mạnh chế biến các sản phẩm có giá trị gia tăng cao, chú trọng tới nhóm sản phẩm chủ lực (tôm, cá tra, cá ngừ); đa dạng hóa các sản phẩm chế biến, tập trung nghiên cứu phát triển các sản phẩm từ cá ngừ, rong tảo biển và phụ phẩm; tách chiết các hợp chất có hoạt tính sinh học có giá trị cao phục vụ ngành thực phẩm, hoá dược.
Phát triển thị trường tiêu thụ thủy sản; tổ chức lại chuỗi sản xuất nhằm nâng cao hiệu quả kinh tế và sức cạnh tranh của sản phẩm thủy sản chế biến…